बियाणे गुणवत्ता ही बियाणेमध्ये आवश्यक अनुवांशिक शुद्धता, भौतिक शुद्धता, उगवणक्षमता असणे तसेच बियाणे रोगमुक्त असणे यावरून निश्चित होते. गुणवत्तापूर्ण बियाणे उत्तम उगवणशक्ती, अधिक जोम, इच्छित झाडांची संख्या, प्रतिकूल हवामानामध्ये तग धरण्याची क्षमता आणि झाडांची निरोगी वाढ याची खात्री देते. सरतेशेवटी याची परिणीती अधिक उत्पादनात होउन त्याद्वारे शेतकरी बांधवांचे जीवनमान उंचावण्यात मोलाचे योगदान होते.

सन १९८२ पासून महामंडळाचा स्वतंत्र गुणवत्ता नियंत्रण विभाग व कठोर गुणवत्ता नियंत्रण धोरण कार्यान्वित आहे. महामंडळाचे समर्पित गुणवत्ता नियंत्रण पथक बियाणे उत्पादन, प्रक्रिया, साठवणूक, विपणन यासारख्या विविध स्तरावर बियाणे गुणवत्तेसंबंधी देखरेख करत असते. महामंडळाची अंतर्गत गुणवत्ता व्यवस्थापन प्रणाली असून महामंडळाचा सतत सुधारणेवर विश्वास आहे.

सद्यस्थितीत, महामंडळाच्या अकोला (१९८२), परभणी (१९८५) व जालना (२०२०) या तीन बिज परीक्षण प्रयोगशाळा कार्यान्वित असून या तिन्ही बिज परीक्षण प्रयोगशाळेस महाराष्ट्र शासनाने बियाणे कायदा, १९६६ अंतर्गत “राज्य्ा बियाणे प्रयोगशाळा” म्हणून अधिसूचित केल्या आहेत. अकोला येथील बिज परीक्षण प्रयोगशाळेस अग्रीकल्चर टुडे या समूहातर्फे “सार्वजनिक क्षेत्रातील सर्वोत्कृष्ट बिज परीक्षण प्रयोगशाळा” म्हणून सन्मानित केले आहे. महामंडळाच्या तिन्ही प्रयोगशाळांचे कामकाज हे भारतीय किमान बिज प्रमाणीकरण मानकांच्या नियमांचे काटेकोरपणे पालन करून चालत आहे. बिज परीक्षण प्रयोगशाळा, अकोला अत्याधुनिक बीज परीक्षण चाचण्या जसे की, एलिझा, बियाणे आरोग्य आणि डीएनए फिंगरप्रिंटिंग करण्यास सुसज्ज आहे. महामंडळाच्या अकोला येथील बिज परीक्षण प्रयोगशाळेस NABL (National Accreditation Board for Testing and Calibration Laboratories) संस्थेचे नामांकन घेण्याची प्रक्रिया सुरु आहे.

या तिन्ही बीज परीक्षण प्रयोगशाळांची वार्षिक बियाणे परीक्षण क्षमता सुमारे ७५,००० ते ८०,००० नमुने असून यामध्ये बियाणेची आर्द्रता, भौतिकशुद्धता, उगवणक्षमता, टेट्राझोलीयम चाचणी, क्षेत्रीय उगवण चाचणी, अनुवांशिक शुद्धता चाचणी, एलिझा इ. विविध चाचण्यांचा अंतर्भाव असून त्याकरीता महामंडळाकडे महाबीज सेंटर फॉर एक्सलंस, पैलपाडा येथे संपूर्ण विकसित समर्पित प्रक्षेत्र आहे. याशिवाय, नियमित हंगामाव्यतिरिक्त इतर हंगामात क्षेत्रीय उगवण चाचणी व क्षेत्र चाचणी घेणेस्तव महामंडळाकडे महाबीज सेंटर फॉर एक्सलंस, पैलपाडा येथे पॉलीहाऊस सुविधा सुद्धा आहे.

सारांशत: महामंडळ आपल्या मजबुत गुणवत्ता आश्वासन प्रणाली, अनुभवी व कुशल मनुष्यबळ, काटेकोर प्रक्रिया व कार्यपद्धती तसेच अद्ययावत बीज परिक्षण प्रयोगशाळा यांचेद्वारे विभिन्न स्तरावर देखरेख/तपासणी करून उत्पादने गुणवत्तापूर्ण असल्याची खात्री करते. म्हणूनच महाबीज बियाणे “विश्वासाचं बियाणे” म्हणून शेतकऱ्यांमधे लोकप्रिय आहे