संचालक मंडळाची घडण ही ११ नियुक्त सदस्य आणि भागधारक शेतक-यांमधून निवडणूक प्रक्रियाव्दारे निवडून आलेले २ सदस्य अशा १३ सदस्य मंडळाने पूर्ण होते. वरिष्ठ IAS अधिकारी व महाराष्ट्र राज्याच्या कृषि विभागाचे सचिव हे महामंडळाचे पदसिध्द अध्यक्ष असून, दैनंदिन कामकाज महामंडळाचे व्यवस्थापकीय संचालक (IAS अधिकारी) यांचेव्दारे नियंत्रित करण्यात येते. महाबीजचे मुख्य कार्यालय महाराष्ट्रातील अकोला येथे आहे जे ६ विभागीय कार्यालय व २६ जिल्हा कार्यालयांनी समर्थित आहे. महाबीजचे २१ अत्याधुनिक बियाणे प्रक्रिया केंद्र असून, महाबीज संशोधन व विकास तसेच एकूण गुणवत्ता व्यवस्थापनावर लक्ष केंद्रित करते.

महामंडळाव्दारे कडधान्यवर्गीय, डाळवर्गीय, तेलबियावर्गीय आणि चारा पिके यासारख्या बियाणांचे उत्पादन करण्यात येते त्यासाठी ३२,२१५ बिजोत्पादक शेतक-यांच्या माध्यमातुन १,६६,०१० एकर क्षेत्रावर बियाणे बियोत्पादन कार्यक्रमाचे व्यवस्थापन केले जाते. याकरीता बिजोत्पादक शेतक-यांना योग्य दर, लक्षांकापूर्तीनुसार प्रोत्साहनपर वा गुणवत्तेच्या आधारावर वाढीव दर इत्यादीव्दारे बिजोत्पादक शेतक-यांना उच्च दर्जाचे बियाणे उत्पादनाकरीता प्रोत्साहित करण्यात येते. प्रक्रिया विभागाव्दारे बियाणे गुणवत्ता मानकांची पूर्तता करण्यासाठी आधुनिक यंत्रसामग्रीचा वापर करण्यात येतो.

विपणन विभाग सुमारे १००० विक्रेत्यांमार्फत शेतक-यांना अनुकुल असे विपणन धोरण अवलंबित असुन रास्त दरांत व निर्धारीत वेळेमध्ये बियाणे उपलब्ध करून देते. विक्रेत्यांना सुध्दा वेळेत बियाणे पुरवठा, विक्री पश्चात सेवा व विस्तार इत्यादी पाठबळ देते. महामंडळाव्दारे शासकीय योजनांमध्ये प्राधान्याने बियाणे पुरवठा करण्यात येतो. तसेच इतर राज्यांमध्ये सुध्दा विपणनाचे कार्य करण्यात येते.

मागील वर्षी महामंडळाने रुपया ५३८ कोटींची आर्थिक उलाढाल केली असून महामंडळाचे एकूण ३१८ कर्मचारी व याव्यतिरीक्त भागधारक, बिजोत्पादक शेतकरी विक्रेते इत्यादी ही महामंडळाची शक्ती आहे व हया शक्तीच्या सातत्यपूर्ण व अथक प्रयत्नामुळेच महामंडळास आजपर्यत १६ वेळा राष्ट्रीय उत्पादकता पुरस्कार प्राप्त झाले आहे. “महाबीज” हे विश्वासार्ह बियाणे आणि बियाणे उद्योगातील नवकल्पनांच्या वचनबध्दतेचे प्रतीक आहे.